sunnuntai 11. kesäkuuta 2017

Kaapelin katkontaa - kone kuin insinöörin suunnittelema

DNA on pitkä leveyteensä nähden ja vielä kierretty itsensä ympäri, ikään kuin köysi. Mitä jos se menee solmuun - sellaiseen sykkkyrään, ettei enää selvää ota? Voiko se ylipäätään mennä solmuun? Kyllä voi ja se haittaa solun toimintaa.

DNA:lle käy vähän kuin narulle, kun sitä koko ajan availlaan eri paikoista, se menee sykkyrälle toisesta päästä.


Bakteerin rengasmainen DNA on tumattomassa solussa ja siellä se saattaa kiertyä lenkille itsensä ympäri. Tällöin syntyy risteyksiä, jotka haittaavat sitä pitkin kulkevien proteiinikoneiden toimintaa.

Mikroskooppikuva kiertyneestä bakteerin DNA:sta.

Mutta ei hätää - tähän on olemassa kone, solmunavaajakone. Tämä hämmästyttävän yksinkertainen proteiini osaa katkaista DNA:n ja liittää sen taas yhteen risteävän DNA:n toisella puolella niin, että kierre oikenee.


Tämä korjauskone on ihan normaalia insinöörimekaniikkaa, tosin nano-koossa:
  1. Kone kiinnittyy DNA:han.
  2. Se leikkaa toisen säikeen auki ja ottaa toisesta kiinni.
  3. Se laskee ehjän säikeen leikkauksen läpi pitäen koko ajan kaikista kohteista kiinni.
  4. Se liittää auki leikatun taas yhteen.

Kaapelin kaivajille tuttu ongelma. Jos uusi kaapeli pitää maahan laskiessa laskea toisen risteävän kaapelin alle, pitää jompikumpi katkaista ja liittää taas yhteen.

Tämän koneen suunnittelijan on täytynyt tuntea mekaniikkasuunnittelun perusteet. Koneen rakentajan taas on täytynyt tietää paljon muutakin. Toimiva ja yksinkertainen kone.


Bakteeri on se elämän muoto, mistä kaikkien muiden olisi pitänyt kehittyä evoluutio-opin mukaan. Bakteeri itse ei kuitenkaan selviä ilman näitä solmunavaajia. Mistä bakteeri sai tiedon ja ymmärryksen, että DNA on solmussa ja miten se näki, että miten se solmu pitää avata? Millaisia satunnaisia välivaiheita oli, ennen kuin tämä kone oli valmis ja miten bakteeri selviytyi ennen sitä?

Oletetaan, että se selviytyi, mutta ei niin hyvin ja sitten ilmestyi tämä uusi versio bakteerista, jolla oli nämä koneet ja se elinvoimallaan voitti vanhat versiot. Tämä tarina voisi olla looginen, mutta se ei ratkaise sitä, miten tämä kone syntyi sattumalta, eikä sitä miksei voida havaita miljoonia välivaiheita ja puolivalmiita solmunavaajakoneita. Sillä vaikka yksi solmunavaajaproteiini olisi jo olemassa, ei ole mekanismia, joka estäisi uusia prototyyppejä rakentumasta. Tällöin puolivalmiita kehittymässä olevia koneita pitäisi olla tuhansittain tulossa.

Sen sijaan on paljastunut, että näitä toboisomereiksi kutsuttuja koneita on useita hieman erilaisia eri eliöillä. Kaikki ne toimivat tehtävässään suunnitellusti. Jos eliöt olisivat tulleet toisistaan, mikä olisi saanut aikaiseksi toboisomerin muuttumisen toisenlaiseksi? Ja miten solu olisi selviytynyt sinä aikana kun tämä proteiini koki muodonmuutostaan toimimattomien välivaiheiden kautta?

Evoluutio-oppi tarjoaa luonnonvalintaa ratkaisuksi kaikkeen, mutta miten luonnonvalinta toimi solun sisällä hyläten huonoja solmunavaajia? Jonkun olisi pitänyt ohjata prosessia, jonkun olisi pitänyt seurata, että aukesiko solmu, jonkun olisi pitänyt testata avaajan toiminallisuus ja katsoa asiaa ulkopuolelta. Mutta eihän siellä sellaista testaajaa ole. Ainoa testi on, että DNA meni niin mutkalle että solu kuoli. Silloin ei puolivalmis avaaja jatka kehittymistä, vaan häviää olemasta. Avaajan toiminnallisuuden voi nähdä solun ulkopuolelta ja voi todeta sen ratkaisseen asian, mutta ei ketään tai mikään solun sisällä. Sen toimivuus ei ole suoraan todettavissa eliön elinkelpoisuudesta, vaan ainoastaan päättelemällä, että ongelma oli juuri sotkeutumisessa. Solun kuolemaan johtava ongelmahan olisi voinut olla missä tahansa muuallakin.

On siis eri asia eliöpopulaation sopeutua vaikkapa kylmempään ilmaan kuin ratkoa tällainen mutkan takana oleva ongelma. Ihminen mikroskoopin läpi katsellessa pystyy helposti sanomaan aukesiko solmu vai ei, mutta solu itsessään tähän ei pysty. Solun suunnittelija tiesi ongelman ja suunnitteli siihen ratkaisun tietäen että se myös toimii.

Tässä vielä video aiheesta:

Ei kommentteja:

Lähetä kommentti